Die Zulassungsinhaber der betroffenen Arzneimittel informieren über seltene Fälle von Fungämien, die bei schwerkranken Patienten zum Tod führten. Dem Risiko sind auch Patienten ausgesetzt, die selber nicht mit Saccharomyces boulardii behandelt werden, aber sich in unmittelbarer Nähe zu mit Saccharomyces boulardii behandelten Patienten aufhalten und schwerkrank oder immunsupprimiert sind sowie zentralen Venenkatheter oder peripheren Katheter haben.
Die Kontamination kann über die Hände oder über die Raumluft erfolgen. Deshalb wird empfohlen, die Beutel und Kapseln nicht in den Krankenzimmern zu öffnen und während der Handhabung Handschuhe zu tragen.